Pocahontas est inspiré de la véritable histoire de cette jeune indienne devenue mythe malgré elle. Un récit où la documentation historique est méticuleusement respectée.
1607 : les anglais souhaitent s'assurer d'une vraie domination sur l'Espagne et envoient des colons, aux frais de la Compagnie anglaise, pour peupler les terres de la Nouvelle Angleterre. Les premiers convois sont constitués principalement de soldats ; les conditions de vie sont terribles : la faim, le froid, les maladies, n'épargnent pas les hommes fraîchement débarqués par bateau sous le commandement de l'Amiral Newport. Sa mission est d'étendre l'empire Britannique, trouver de l'or et... un fleuve menant en Chine ! Son arrivée sur cette nouvelle terre est marquée par des conflits avec différentes tribus indiennes. La tribu de Pocahontas est celle des Powhatans ; ils ne sont pas belliqueux et acceptent dans un premier temps la présence des étrangers.
La narration commence en 1621, par une tentative de traité de paix entre tribus indiennes et colons du fort Jamestown, et se poursuit par des flash back sur l'arrivée des colons, alternant le point de vue des indiens et celui des colons, sous la forme d'un dialogue entre Pamouic, le fils du chef Powhatan et le narrateur, qui s'estiment mutuellement et confrontent leurs souvenirs des années de l'installation de la colonie. Leurs interventions rappellent constamment la place centrale jouée par Pocahontas sur la destinée des colons.
Le capitaine Smith, jeune aventurier tête brûlée mais loyal, mis aux fers avant l'arrivée dans le nouveau monde par le cruel et cupide Capitaine Wingfield, tombe immédiatement amoureux de Pocahontas, la fille du chef Powhatan, très belle princesse indienne au tempérament intrépide. A la suite d'un incident entre les colons et la tribu Powhatan, Smith et Pitt sont faits prisonniers. Pocahontas obtient leur grâce auprès de son père et les deux hommes peuvent ainsi découvrir librement la vie et les coutumes de la tribu, jusqu'à ce que de nouveaux incidents ne les forcent à rejoindre leur fort. Smith et Pocahontas seront alors forcés de faire un choix qui va bouleverser à jamais leurs vies, entre l'obéissance aux règles des siens et la force des sentiments.